申请ISO45001认证的组织可自主选择经认可的认证机构，不必考虑地区划分或行政业务的划分。任何人为强行认证机构的行为都是违法行为。选择认证中心时选取与其总部或在认监委备案的分支机构合作。

申请方式二申请ISO45001认证的组织可以选择一家咨询机构，把确定选择的认证机构，告诉给咨询机构，由咨词机构全程协助申清或者再未确定认证机构之前，也可以听取咨询机构的建议，根据市场和未来发展的要求未选择认证机构。

ISO45001认证机构选定后，申请ISO45001认证的企业就可以正式提出认证的申请，须提交一份正式的、由其授权代表签署的申清书，申请书及其附件一般包括：

1、申请ISO45001认证的范围
2、申请组织企业简介
3、申请组织企业法人营业执照及资质文件
4、企业产品实现流程图
5、有关ISO45001职业健康安全管理体系及其活动的一般信息
6、职业健康安全管理手册、程序文件及其它相关文件清单
7、从事工程类的企业还需提供项目清单及其详细的情况双方商谈认证审核的有关问题，达成一致后正式签订合同。